指導医からの年間研修評価書は、どなたに記載してもらえばよいですか？

当時の直接の指導医の方にいただいてください。

もし、1年度で複数施設にわたる研修を行っている場合や直接の指導医が複数名おられる場合には、代表1名に記載していただければ問題ありません。